常见的不安全食品可能含有某种可能影响到人体健康的危害因素，国际上把这些常见危害因素分为三个大类，即：物理性危害、化学性危害、生物性危害。物理性危害多为异物混入食品所致，如：玻璃、金属碎片。化学性危害则是近年来我国食品安全事件中被关注最多的因素，如：苏丹红、瘦肉精、三聚氰胺、农药残留等。而生物性危害被媒体报道的案例相对少许多，因此通常被大众忽视。生物性危害主要包括细菌、病毒、霉菌、寄生虫。
   依美国疾病控制中心2010年的统计数据来看，在940万可查出起因的食源性疾病中，究其原因有约88%的食源性疾病是由前四大病原微生物造成的，其中诺如病毒占58%，沙门氏菌11%。
   在我国，卫生部2000~2006年食物中毒事件的统计数据显示，按中毒人数计算，因生物性危害造成的占比高达51%。根据上海市食品药品监督局的一项统计分析，2000~2006年餐饮业食物中毒案例中有80.3%是由于细菌引起的。香港食物安全中心的统计数据显示，2010年全港食物中毒案例中有78%是由于细菌引起的。
   食品中的微生物是导致食品腐败的重要源头，也是导致食源性疾病的重要原因之一。食品具有丰富的营养，是微生物理想的栖息地，因此，微生物一旦污染了食品，要消除它们，就比较困难了。要控制微生物对食品的污染，首先要弄清楚食品中微生物的来源及其传播路径，这样，解决由微生物引起的食品安全问题才变得有的放矢。
   在介绍食品中微生物的来源及其传播路径之前，需要先明确几个概念。首先是直接传播，直接传播指的是污染源上的微生物通过与食品产品 （包括半成品和成品）直接物理接触而传播。与之相对应的概念是间接传播，间接传播是指污染源中的微生物传播到第三者，再由第三者与食品产品物理接触而传播。间接传播中的第三者作为传播的媒介被称为载体。下面具体介绍食品中微生物的重要来源。
   食品中微生物的最直接和重要的来源是原料和配料。食品的原料主要是农畜产品，农畜产品在生产中会受到大量微生物的污染，是微生物的主要宿主。在加工环节，不仅要考虑接收时原料和配料中微生物的数量，是否含有致病微生物，还要考虑到原料和配料在厂内运输，储藏和处理时微生物的污染和微生物的生长，尽可能减少由食品原料和配料带入的微生物的数量。水是食品生产的配料和加工助剂，水不仅传播化学污染物，而且还是食品微生物污染的主要途径。除要保证作为食品配料和清洗用的水需控制微生物含量外，还要特别关注蒸汽的冷凝水，水管泄漏的水，排水沟的水和泄漏的雨水和加工环境的积水，因为，在适宜条件下，微生物会在水中生长大量繁殖。
   食品加工环境的空间中的固体或液体颗粒也是微生物的重要来源。空间中随气流浮游着很多尘埃，水雾，皮肤残屑等颗粒，这些都是微生物的载体，有许多微生物会依附在这些颗粒的上面，同时，气流中也有直接浮游的微生物。当食品原料、配料、半成品或成品暴露在空气中时，尘埃、水雾、残屑等颗粒和空气中浮游的微生物就会逐渐沉降到食品中而直接污染食品，或沉降到食品接触表面上而间接污染食品。在自然界中，空间中的微生物主要是细菌芽胞，霉菌和酵母，活体细菌占的比例不大。但在食品加工环境中，由于湿度较大，活体细菌生长体占空间微生物的比例相当较高。
   此外，人体也是食品加工厂中微生物的另一个重要来源。工厂员工的各种活动会向空间散发各种微小的颗粒和微生物。就散发颗粒来说，打喷嚏散发颗粒的数量比咳嗽大1000倍，男人比女人散发数量更多的微生物。不同的着装对人体颗粒的散发也有影响，帽子比发网更能防止微生物和颗粒的散发。人体中的微生物根据生活部位的不同分为两部分，一部分是寄居在人体的外表面如皮肤、毛发、鼻子、眼睛等，另一部分是寄居在人体消化排泄系统。而在人体的外部的微生物根据其寄居的时间分为暂居微生物和定居微生物。暂居微生物是临时寄居在人体表面，通常大部分并不在人体表面进行生长繁殖。暂居微生物是由人体活动和接触传播到人体上，容易通过洗手消毒进行清除。定居微生物通常不会使人致病。寄居在人体消化排泄系统的微生物主要是肠杆菌科，常含有致病微生物如致病大肠杆菌、沙门氏杆菌等，特别是有病的员工，通常会携带各种病菌包括细菌和病毒。在这种传播中，人体只是一个载体，通过人体活动把微生物从一个地方传播到另一个地方，最终传播到食品上。
   微生物是无处不在，因此，食品原料、配料，所有表面，水、空气、人和动物只要与食品接触，都会成为微生物污染食品的路径。食品加工环境是一个动态的环境，要完全避免加工过程中微生物的污染，是很难做到的，但是，如果在食品加工中尽可能地切断微生物的污染途径，做好日常的清洗和消毒工作，也就可以将微生物污染程度降到最低，食品安全也就多了一份保证。（康文）